Фамилия Кишило оставляет много пространства для догадок, потому что её основа неочевидна и не имеет одного устоявшегося толкования. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Формант -о указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где такие фамилии часто образовывались от прозвищ в форме существительного или глагольной основы. Здесь перед нами, скорее всего, прозвище, которое закрепилось без дополнительных суффиксов.

Самая прямая версия отсылает к глаголу «кишить» — «шевелиться, копошиться, изобиловать». Прозвище Кишило могли дать человеку непоседливому, суетливому или тому, кто постоянно был в движении, «кишел» на месте. В говорах слово «киш» также означало толпу, скопление — возможно, прозвище получил завсегдатай людных мест или тот, кто любил быть в гуще событий.

Менее очевидная, но лингвистически возможная версия — связь с диалектным «киш» или «киша» в значении «гниль, черви, личинки». В этом случае прозвище могло носить санитарно-бытовой или ироничный оттенок, но проверить эту гипотезу сложно из-за скудости письменных источников по простонародным прозвищам. Третья версия — заимствование из тюркских языков, где «киши» значит «человек», но тогда фамилия должна была бы иметь форму Кишиев или Кишин, а не Кишило. Тюркское влияние в таком виде маловероятно.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно на западе и юге России, а также в Беларуси и на востоке Украины. В дореволюционных метрических книгах Кишило фиксировали среди крестьян и мещан Черниговской, Могилёвской и Полтавской губерний. Сословная принадлежность стандартная для бесприставочных фамилий: основная масса носителей — бывшие крепостные или государственные крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если отбросить сомнительные версии, наиболее правдоподобным остаётся прозвище по характеру или поведению: подвижный, суетливый человек, которого в деревне прозвали Кишило. Со временем это слово перестало быть понятным, но фамилия сохранилась.