Фамилия Кишкентаева — яркий пример того, как географическое положение предков напрямую отразилось в их родовом имени. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому топониму «Кишкентай» или «Кишкента». В казахском и башкирском языках «кишкене» означает «маленький», «младший». Таким образом, название могло относиться к небольшому поселению, младшему рукаву реки или даже к прозвищу младшего сына в роду (по аналогии с именем Кенже). Суффикс «-ев» (в женском роде «-ева») — типичный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках добавляли к тюркским фамилиям при оформлении документов, особенно в Оренбургской, Астраханской губерниях и в Казахстане.

Словообразовательная модель здесь проста, но показательна: от казахского или татарского прозвища (или названия аула) Кишкентай образовали фамилию Кишкентаев. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Кишкента́ева, что типично для фамилий с тюркской основой, адаптированных русским суффиксом. Интересно, что в самой фамилии сохранился древний тюркский принцип: «кишкене» нередко давали как охранительное имя — чтобы злые духи не позарились на ребёнка, его называли «маленьким» или «незначительным».

Регионально фамилия привязана к южному Уралу, северному Казахстану и Поволжью. Встречается у казахов, татар и башкир. В русской среде она редка и почти всегда указывает на смешанные браки или миграцию из азиатской части России. В некоторых говорах возможна вариация Кишкентеев — с заменой «а» на «е» под влиянием местного произношения.

Социально предки носителей фамилии — скорее всего, скотоводы или крестьяне из степных аулов. Дворянских корней у неё нет: в списках российского служилого сословия фамилия не фиксируется. Зато она хорошо сохранила память о малой родине — маленьком ауле или урочище, название которого сегодня может быть уже утеряно на картах.