Фамилия Кишмарая звучит непривычно для русского уха, и это подсказка: её корни, скорее всего, не в славянских языках. Она образована по модели, типичной для народов Кавказа, в частности, для грузинских фамилий. Окончание «-ая» здесь не является русским окончанием прилагательного, а представляет собой русифицированную передачу грузинского суффикса принадлежности. В оригинале фамилия, вероятно, звучала как Кишмарадзе или Кишмарашвили, где суффиксы «-дзе» и «-швили» означают «сын» или «потомок». При адаптации в русской среде окончание изменилось на более привычное «-ая», но грамматическая роль осталась той же — указание на родоначальника.

Основа фамилии — «Кишмар» — скорее всего, восходит к грузинскому слову или прозвищу. Точное значение установить сложно, так как слово не является общеупотребительным. Можно предположить связь с диалектным «кишма» (хлев, загон для скота) или с личным именем, которое со временем вышло из обихода. В таком случае прозвище Кишмар мог получить человек, живший при хлеву или занимавшийся скотом, либо же это было имя-оберег, данное ребёнку для защиты от злых сил.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам Грузии, особенно к Гурии и Имеретии, где распространены фамилии на «-ая» в русской записи. В России носители фамилии встречаются редко, в основном в среде потомков грузинских переселенцев или смешанных браков. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянские грузинские фамилии обычно имеют более прозрачную этимологию и часто фиксировались в родословных книгах.

Таким образом, фамилия Кишмарая — это яркий пример адаптации кавказской антропонимики в русской языковой среде. Её носитель может с высокой долей вероятности считать своими предками грузин из западной части страны, а само прозвище, лёгшее в основу фамилии, скорее всего, носило бытовой или охранительный характер.