Фамилия Кишмарёв происходит от прозвища Кишмарь. Его основа — название реки Кишма, которая протекает в Нижегородской области и впадает в Оку как правый приток. Исток Кишмы находится в урочище Колпенка, на границе Вачского и Сосновского районов, в трёх километрах юго-западнее деревни Бабкина, возле колокольни недействующей церкви. У реки несколько притоков: Лубянка, Иверка, Гремячий, Станко, Угрюмка, Валгма, Суринь и Чёрная.

Само слово «Кишма» ономасты связывают с диалектным тюркским «кишме» — «источник». Прозвище Кишмарь, скорее всего, получил человек, живший на берегу этой реки. Модель образования фамилии типична для русского Северо-Востока: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кишмарёв — сын или потомок Кишмаря.

Любопытно, что река Кишма известна и в других регионах — например, одноимённая река протекает во Владимирской области. Это значит, что прозвище могло возникнуть независимо в разных местах, а фамилия закрепилась за выходцами из нескольких локальных групп. Однако нижегородская версия выглядит убедительнее: именно в этом регионе фамилия Кишмарёв встречается чаще, чем где‑либо ещё.