Фамилия Кишмишев — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретный географический или этнический источник, а не на профессию или личное качество. Основа здесь — «кишмиш», название мелкого сладкого винограда без косточек, который известен в Средней Азии и Закавказье. Слово тюркского происхождения (сравните с турецким, азербайджанским, крымскотатарским «kişmiş» — изюм, кишмиш). Соответственно, прозвище Кишмиш могли дать человеку либо за смуглый цвет лица (как у темных сортов винограда), либо за небольшой рост и «мелкие» черты — по аналогии с размером ягод. Впрочем, возможна и более прозаичная версия: прозвище мог получить торговец изюмом или винодел.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от прозвищ или имен, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В данном случае форма «Кишмишев» — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын или потомок человека по прозвищу Кишмиш. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, фамилия выглядела бы как Кишмишов, но тут сработал «шипящий» звук на конце (ш), который в русской ономастике часто даёт суффикс -ев.

Интересно, что фамилия Кишмишев почти не встречается в центральных великорусских губерниях. Её ареал — юг России, особенно Ставрополье, Кубань, а также Закавказье, где исторически жили греки, армяне и русские-некрасовцы, контактировавшие с тюркским населением. В дореволюционных справочниках Кишмишевы фигурируют в списках казачьих родов Кубанского и Терского войск. Это подтверждает версию: прозвище возникло в среде, где слово «кишмиш» было обиходным, а не книжным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кишмишов, Кишмишян (армянская форма) — показывает, что все они происходят из одного региона и не имеют отношения к другим значениям слова «кишмиш» (в некоторых тюркских языках так называли мелкую монету). Однако версия с монетой менее вероятна: прозвища по названиям денег (Грош, Алтын) встречаются, но для «кишмиша» таких примеров в исторических документах нет. Таким образом, наиболее правдоподобно, что предок носителя фамилии Кишмишев получил своё прозвище либо по внешности, либо по занятию, связанному с виноградом, и жил на южных окраинах Российской империи.