Фамилия Кимишев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного всем суффикса -ов, но есть суффикс -ев, что указывает на образование от основы, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. Основа же — Кимиш — скорее всего, имеет тюркские корни.

Самая вероятная версия — прозвище или имя Кимиш, которое могло быть дано человеку по внешности или характеру. В ряде тюркских языков (например, в карачаево-балкарском, ногайском, кумыкском) слово «кимиш» или близкие к нему формы могут означать «отруби», «мелкий корм», «шелуха». Прозвище Кимиш могли дать человеку невысокого роста, худощавому, либо тому, кто занимался размолом зерна, приготовлением кормов для скота. В переносном смысле — человек незначительный, «мелкий», но это необязательно несло оскорбительный оттенок: в среде, где ценилась практичность, такое прозвище могло быть бытовым.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — искажённое арабское имя Камиш (от «камиш» — тростник, камыш). В таком случае фамилия могла означать «сын того, кто жил у камышей» или «сын человека по имени Камиш». Однако фонетика фамилии (ударный второй слог, твёрдый «и») больше тяготеет к тюркской, а не к арабской основе.

В русской ономастике фамилия Кимишев стоит в одном ряду с такими же редкими фамилиями, как Кумишев, Камишев, Кемешев. Все они, скорее всего, возникли в среде крещёных татар, башкир или народов Северного Кавказа, которые переходили в православие и получали фамилии по отцу. Географически фамилия встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на юге России, что подтверждает её тюркскую природу.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить как крестьяне, так и казаки или мещане. Поскольку фамилия недворянская и не попала в «Бархатную книгу», её история — это история простых людей, чьё прозвище со временем закрепилось за родом.