Фамилия Кимишкина — один из ярких примеров того, как народная речь переиначила церковное имя, а затем закрепила результат в родовом прозвании. В её основе лежит уменьшительная форма Кимишка, которая восходит к каноническому имени Иоаким. В переводе с древнееврейского оно означает «поставленный Богом».

На русской почве имя Иоаким претерпело сильные изменения. Полная форма превратилась в Акима, а в диалектах, где «екали» или «якали», — в Екима или Якима. От последнего варианта и образовалась ласкательная форма Кимишка: за счёт усечения начального гласного и добавления суффикса -ишк- (как в Ванька от Иван, Мишка от Михаил). Такие уменьшительные имена были повсеместно распространены в быту, особенно в рабочей и крестьянской среде, где полное имя звучало слишком официально.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Кимишкин, то есть сын или потомок Кимишки. Женская форма Кимишкина закрепилась за носительницей по той же схеме. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и среднерусским говорам, где «яканье» (произношение Яким вместо Аким) было нормой. Искать её корни стоит в тех областях, где имя Яким было особенно популярно — например, в бывших Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерниях.

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: Иоаким → Яким → Кимишка → Кимишкин. Спорных версий немного: некоторые ономасты допускают, что основа могла быть прозвищной, от диалектного «кимить» (медлить, копаться), но это объяснение менее вероятно — имя Яким было настолько распространено, что именно антропонимический путь остаётся основным.