Фамилия Кимишкин — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через несколько диалектных фильтров, превратилось в неочевидную фамилию. В основе лежит мужское имя Иоаким, что с древнееврейского означает «поставленный Богом». В народной речи имя упростилось до Акима, а в говорах, где «ёкали» или «якали», закрепились формы Еким и Яким. От одного из этих вариантов — скорее всего, от Якима — образовали уменьшительное Кимишка: в русских диалектах начальное «я» часто переходило в «ки» или «ки-» под влиянием ударения и детской или обиходной речи. Получается, что Кимишка — это тот же Яким, только в ласковой, домашней форме.

Фамилию Кимишкин построили по стандартной модели: к основе «Кимишк-» добавили суффикс принадлежности «-ин», который отвечает на вопрос «чей?». Значит, Кимишкин — это буквально «сын Кимишки», потомок человека с таким обиходным именем. Суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от слов и имён, оканчивающихся на «-а» или «-я», поэтому Кимишкин органично вписывается в ряд вроде Ильин, Фомин, Никитин.

Точное место возникновения фамилии назвать сложно — процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и Кимишкины могли появиться в любой области, где бытовал «якающий» говор. Скорее всего, это регионы к югу от Москвы или среднерусские земли, где форма Яким была особенно распространена. В любом случае, фамилия Кимишкин — живое свидетельство того, как книжное церковное имя обрастало местными звуковыми привычками и превращалось в семейное прозвание.