Основой фамилии Кимишкин послужило церковное имя Иоким. Фамилия Кимишкин происходит от мужского имени Иоаким (в переводе с древнееврейского «поставленный богом»). В русском языке это имя стало звучать как Аким, а в некоторых местностях под воздействием «екающего» или «якающего» говоров – как Еким или Яким. Уменьшительная форма последнего имени, звучавшая как Кимишка, и легла в основу фамилии Кимишкин. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кимишка, со временем получил фамилию Кимишкин.