Фамилия Кимишкин — один из примеров того, как церковное имя обрастало народными формами и в итоге закрепилось в виде фамилии. В её основе лежит имя Иоаким, что с древнееврейского переводится как «поставленный Богом». В русской традиции это имя прижилось в нескольких вариантах: полный церковный Иоаким, а также более привычные Аким, Еким и Яким — разница зависела от местного говора, «екающего» или «якающего».

Интересна именно промежуточная стадия: от формы Яким (или Еким) образовалась уменьшительная Кимишка. Здесь сработала типичная для русских говоров замена начального звука: «Я» в безударной позиции или в диалектном произношении могло превратиться в «Ки». Такое явление встречается и в других фамилиях (например, Кириллов от Кирилл, но с другой моделью). Суффикс -ин в фамилии Кимишкин указывает на принадлежность: «чей?» — Кимишкин, то есть сын или потомок Кимишки.

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия редкая: она не входит в число массовых русских фамилий на -ов/-ев, а стоит в ряду тех, что образованы от неканонических разговорных форм имён. Географически такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где были сильны местные говоры, но точных данных о распространении именно Кимишкиных нет. В любом случае, предок носителя этой фамилии — человек, которого в быту звали Кимишкой, то есть ласково или сокращённо именовали Якимом.