Фамилия Кишонкова — женская форма, образованная от мужской фамилии Кишонков. В русской традиции такие фамилии чаще всего возникали на юго-западе, в среде донского и кубанского казачества, а также в южных губерниях, где была распространена модель фамилий на -ов/-ев с ударением на окончании. Сама основа фамилии неочевидна и вызывает споры, но наиболее правдоподобная версия связывает её с прозвищем Кишонок.

Слово «кишонок» в южнорусских говорах могло означать «кишка» или «внутренности», а в переносном смысле — худого, тощего человека. Прозвища по внешности в XVI–XVII веках давали часто и без злого умысла: Кишонком могли назвать высокого и худого парня или, наоборот, человека с большим животом. Суффикс -ок в основе указывает на уменьшительную форму, так что прозвище звучало скорее бытово-ласкательно, чем грубо.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с польским или белорусским словом «kiszka» (колбаса, кишка). В этом случае фамилия могла попасть в русскую среду через переселенцев из Речи Посполитой, особенно в Смоленской, Брянской или Черниговской губерниях. Однако окончание -ов, а не -ский или -ич, говорит в пользу исконно русского, а не шляхетского происхождения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кишков, Кишко, Кишкевич — показывает, что основа «киш-» встречается в разных славянских языках, но везде отсылает либо к анатомии, либо к ремеслу (например, колбасник). В случае Кишонкова прозвище, скорее всего, закрепилось за одним человеком, а его потомки уже получили фамилию по отцу: Кишонков — сын Кишонка.

Встречаемость фамилии невысокая, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с массовыми профессиями или именами святых. Носительницы фамилии Кишонкова сегодня живут в основном в Ростовской, Волгоградской областях и Краснодарском крае — то есть там, где в XIX веке активно селились казаки и крестьяне из центральных губерний.