Фамилия Кишонков — редкий пример, когда основа ясна, а вот её происхождение неочевидно и даёт простор для двух разных версий. Если отбросить очевидное и ошибочное предположение о связи с венгерским городом Кишкунфеледьхаза, остаются два корня, каждый из которых по-своему убедителен.

Самый вероятный источник — диалектное слово «кишок» или «кишка». В русских говорах так называли не только часть пищеварительного тракта, но и, например, узкий, извилистый ручей, проток или овраг (сравните с «кишка» в значении «узкий проход»). Прозвище Кишок могли дать либо тощему, худому человеку (по аналогии с «кишка» — нечто тонкое), либо тому, кто жил у такого извилистого оврага. Фамилии на -ов/-ев от прозвищ на -ок (Кишок → Кишонков) образуются по модели «чей сын?» — то есть Кишонков буквально означает «сын Кишка». Важно, что суффикс -онк- здесь является не уменьшительным, а патронимическим, характерным для северных и центральных областей России (сравните: Федот → Федотенков, Потап → Потапонков).

Вторая версия, менее распространённая, но лингвистически возможная, выводит фамилию от крестильного имени Кеша (производная форма от Иннокентий). В некоторых говорах «Кеша» могло звучать как «Киша», а с суффиксом -онк- дало бы «Кишонков». Однако эта гипотеза слабее, так как стандартная модель от Кеши — Кешин, Кешков, а не Кишонков. Если бы исходным было имя, скорее всего, возникла бы форма Кишин или Кишев.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены прозвищные фамилии с суффиксом -онков: это прежде всего бывшие Вятская, Пермская и Костромская губернии. Встречаемость Кишонковых в современной России низкая, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение — скорее всего, один род из конкретной деревни, а не массовая фамилия.

Таким образом, предок носителя фамилии Кишонков с высокой вероятностью получил прозвище от ландшафта (жил у «кишки»-оврага) или от внешности (был худ, «кишковат»). Социальный статус мог быть любым — от крестьянина до ремесленника, но фамилия явно не дворянская, а из крестьянской или мещанской среды, что типично для прозвищных фамилий на -ов с диалектной основой.