Фамилия Киштанов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не поддаётся бытовой догадке. Если отбросить патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Киштанов, то есть сын или потомок Киштана), остаётся ядро — Киштан. Вот с ним и главная сложность.

В русских говорах и документах слово «киштан» не зафиксировано как нарицательное. Скорее всего, это не русское, а тюркское или иранское по происхождению прозвище или имя. В тюркских языках корень «киш» может означать «соболь» или «пушной зверь» (ср. киргизское «киш» — соболь), а суффикс -тан часто встречается в именах и прозвищах (например, Арстан — лев, Коштан). Тогда Киштан — прозвище охотника, скорняка или человека, чем-то напоминавшего этого зверя (ловкостью, окраской волос, характером). Есть и другая версия: от персидского или тюркского «киштан» — «пояс», «кушак», что могло указывать на мастера, делавшего пояса, или на человека с характерной манерой подпоясываться.

Географически фамилия привязана к южным и восточным регионам России — Поволжью, Приуралью, Оренбуржью. Там, где русские крестьяне и казаки веками контактировали с башкирами, татарами, казахами, прозвища тюркского происхождения легко входили в обиход и закреплялись в качестве фамилий. В отличие от фамилий на -их/-ых, которые часты на севере, Киштанов — типичная «сыновья» фамилия южного и восточного пограничья.

Интересно, что при кажущейся редкости у фамилии есть устойчивый вариант написания через «ш», а не через «щ» — это подсказывает, что основа звучала твёрдо, без смягчения. Встречающиеся в интернете единичные упоминания Киштановых в казачьих списках XIX века подтверждают: носители были людьми служилыми или крестьянского сословия, а не дворянами с гербом. Никакой путаницы с однокоренными фамилиями (вроде Кишкин, Кистанов) нет — Киштанов стоит особняком, и его разгадка лежит именно в тюркском слове, а не в русском корне.