Фамилия Кишта — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она не имеет стандартного патронимического суффикса. Это сразу указывает на то, что перед нами либо фамилия, застывшая в форме прозвища или топонима, либо иноязычное заимствование, адаптированное в русской среде.

Самый вероятный путь образования — от прозвища Кишта. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, слово «кишта» или «киштить» могло означать «кишеть», «толпиться», «копошиться». Тогда Киштой могли назвать суетливого, беспокойного человека, который постоянно в движении, или, наоборот, того, кто живёт в многолюдном месте. Вторая версия — от диалектного «кишты» (родственники, семейство, «кишняк»), то есть прозвище могло закрепиться за главой большого рода или многодетным отцом.

Нельзя исключать и западное влияние. Фамилия Кишта встречается в Польше и Беларуси (польск. Kiszta, Kiszto). Там она могла образоваться от литовского или ятвяжского корня *kist- (гнуть, клонить) или от польского kiszka (кишка) — в значении прозвища худого или долговязого человека. В таком случае фамилия попала в русскую среду через переселенцев из западных губерний, что подтверждается географией: носители фамилии чаще встречаются в Смоленской, Брянской областях и на юге России.

Суффикс -а в конце — типичное окончание для прозвищной фамилии в именительном падеже (сравните: Шуба, Молча, Голова). Такие фамилии не склонялись по падежам и фиксировались в документах так, как их произносили. Это говорит о том, что фамилия оформилась в крестьянской среде, где редко использовали фамильные суффиксы — часто прозвище просто записывали в метрику как есть.

Итак, предок-носитель фамилии Кишта — скорее всего, крестьянин или посадский человек, получивший прозвище за характер (суетливый, деятельный) или за семейное положение (глава большой семьи). Возможно, он был выходцем из западных земель, где фамилия имела иное звучание, но в русском языке переосмыслилась по созвучию с местными говорами. Точных данных о древности фамилии нет — она не фигурирует в боярских списках и дворянских родословных, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.