Фамилия Киштов — одна из тех, что ставит исследователя в тупик с первой же буквы. В ней нет очевидного тюркского или финно-угорского корня, который сразу выдал бы географию. Её основа — «Кишт» — не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Это редкий случай, когда фамилия, скорее всего, образована от очень локального, почти исчезнувшего слова или искажённого имени.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «кишт» или «кишта». В некоторых говорах русского Севера и Сибири так называли особый вид короба, кузова или плетёной корзины для рыбы и ягод. Прозвище Кишт могли дать корзинщику, бондарю или рыбаку, который пользовался такой снастью. Модель образования проста: основа «Кишт» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ов», указывающий на потомка человека с этим прозвищем. То есть Киштов — буквально «сын Кишта».

Менее убедительна, но возможна связь с иноязычными корнями. В языках народов Поволжья (например, в марийском) есть слово «кыште» — «лепёшка», а в некоторых тюркских наречиях «кишт» означает «зимовье» или «временное жильё». Однако маловероятно, что фамилия с русским суффиксом «-ов» возникла напрямую от этих слов. Скорее, если предок был татарином или марийцем, его имя Кишт (от «лепёшка» или «зимовка») русифицировали уже в документах, добавив окончание.

Интересно, что фамилия Киштов практически не встречается в центральных областях России. Её очаги — Западная Сибирь (особенно Томская область) и северные регионы. Это косвенно подтверждает версию с северным диалектным словом «кишта». В метрических книгах XIX века Киштовы числятся среди государственных крестьян и мещан, то есть сословной элитой они не были. Редкость фамилии говорит о том, что прозвище Кишт давали в одной-двух деревнях, и родословная, скорее всего, ведётся от одного предка.