Фамилия Кислухин образована от прозвища Кислуха. Основа здесь — глагол «кислить», то есть «делать что-либо кислым» или «скисать». Но за этим стоит не одна, а как минимум две бытовые версии, и они ведут в разные стороны.

Самый прямой вариант: Кислухой в крестьянском быту могли назвать человека, который постоянно ходил хмурым, недовольным, «с кислой миной». Прозвища по характеру — один из самых распространённых типов в русской антропонимии, и Кислуха здесь стоит в одном ряду с Угрюмовым, Хмуровым или Брюзгиным. Вторая, ремесленная версия: Кислухой называли того, кто имел дело с закваской, брожением, квашением капусты или приготовлением кислых напитков — например, квасника или пивовара. В говорах слово «кислуха» могло означать и сам квас, и любую кислую жидкость, так что прозвище могло закрепиться за человеком по роду занятий.

Есть и третья, более тонкая версия, связанная с народными оберегами. Родители могли нарочно дать ребёнку прозвище с некрасивым или невесёлым смыслом — Кислуха, чтобы отвести от него сглаз и злые силы. Считалось, что «плохое» имя обманет нечисть: мол, такого никчёмного никто не тронет, а мальчик вырастет здоровым и жизнерадостным вопреки прозвищу. Эта практика хорошо известна по другим «охранительным» фамилиям — Некрасов, Дураков, Заплатин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кислухин — «сын Кислухи». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В северных и центральных губерниях России фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге, что может указывать на возможную географию происхождения рода — например, Вологодчина, Архангельская или Костромская земля.

Однокоренные фамилии — Кислов, Кисляков, Кисленко. Но Кислухин стоит особняком: прозвищная форма на -ух(а) встречается реже, чем на -л(о) или -як, поэтому фамилия сохраняет оттенок диалектной или даже профессиональной конкретики.