Фамилия Кисненко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. В этой модели суффикс -енко изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе: то есть Кисненко — это буквально «сын Кисны» или «потомок Кисного». Такие фамилии массово формировались на территории Левобережной и Слободской Украины в XVII–XVIII веках, и Кисненко, скорее всего, происходит оттуда.

Основа фамилии — корень «кисн-», который напрямую связан с древнерусским словом «кислый» или «киснути» (киснуть, становиться кислым). На первый взгляд, прозвище Кислый или Кисна могло относиться к человеку с кислым выражением лица, угрюмым характером. Однако в народной речи это слово имело и более конкретные, бытовые значения: «кислый» могло означать вялого, медлительного человека (как говорят «кисляй»), или же относиться к ремеслу — например, к тому, кто занимался квашением, приготовлением кислых продуктов (квас, капуста). Прямых указаний на сословие нет, но прозвища такого типа чаще давали простым людям — крестьянам или ремесленникам, а не знати.

В русских говорах встречается и слово «кисна» — устаревшее название плесени или кислой среды, что тоже могло стать основой для прозвища. Впрочем, правдоподобнее связь с личным прозвищем Кислый, которое фиксируется в документах XVI–XVII веков. Например, в актах Московского государства упоминаются люди с фамилией Кислый среди служилых и посадских. От этого прозвища через украинский суффикс -енко и образовалась фамилия Кисненко.

Что касается географии, фамилия Кисненко сегодня встречается преимущественно в Украине и на юге России, в регионах, исторически связанных с украинской колонизацией — на Слобожанщине, в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях. Встречаются и варианты написания: Кисненко, Киснянко, но основная форма устойчива.

Таким образом, Кисненко — фамилия с прозрачной этимологией и типичной украинской моделью. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, получили прозвище по характеру или роду занятий, а фамилия закрепилась за их потомками в эпоху, когда украинское казачество и крестьянство массово обретали фамилии по отцу.