Фамилия Кистлеров — редкий случай, когда русская патронимическая модель (-ов) накладывается на основу, которая явно не славянского происхождения. Сразу понятно: перед нами не исконно русское прозвище, а адаптация иноязычной фамилии или имени. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Кистлеров, то есть сын или потомок человека по фамилии или прозвищу Кистлер.

Самая очевидная версия — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке есть фамилия Kistler (Кистлер), которая образована от слова Kiste — «ящик, сундук». Kistler — это «сундучник», то есть ремесленник, делавший сундуки, ларцы и короба. В русскоязычной среде, особенно в регионах Поволжья и Причерноморья, где жили немецкие колонисты, фамилия Kistler могла русифицироваться добавлением окончания -ов: так появился Кистлеров. Аналогично фамилии Шмидтов, Фишеров, Миллеров — все они возникли по одному принципу.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: основа могла восходить к диалектному слову «кистень» (старинное оружие) через промежуточную форму «кистлер». Однако в русских говорах такого слова нет, а суффикс -лер — типично немецкий (обозначение профессии, как в словах малер, шрейбер, шнайдер). Поэтому версия с ремеслом «сундучника» выглядит правдоподобнее.

Фамилия Кистлеров не входит в списки старинных русских дворянских родов и не встречается в боярских книгах. Она бытовала преимущественно в среде мещан и крестьян, часто — среди потомков немецких колонистов, обрусевших в XIX веке. Географически её можно встретить в Западной Сибири и на Урале, куда переселенцы принесли свои фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень кистлер- плюс русский патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ки́стлеров, по аналогии с исходной немецкой фамилией.