Фамилия Кистерев образована от прозвища или нецерковного имени Кистерь. Основа слова восходит к диалектному «кистерь» — так в некоторых русских говорах называли плетёную корзину или кузов. Прозвище могли дать корзинщику, торговцу, разносчику товаров в коробе — человеку, чья работа или бытовая привычка была связана с этой вещью. Встречается и переносное значение: «кистерём» в ряде областей называли неповоротливого, неуклюжего человека, что тоже могло стать источником прозвища.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ев, указывающей на принадлежность: Кистерев буквально означает «сын Кистеря». Такие именования, образованные от личного прозвища или нецерковного имени, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. У русских фамилии на -ев чаще всего возникали от основ на мягкий согласный или -й, что и произошло в данном случае.

Географически фамилия Кистерев тяготеет к центральным и северным областям России, где была распространена лексема «кистерь». В документах XVI–XVII веков встречаются похожие прозвища, например, Кистерь, от которого впоследствии и закрепилась фамилия. Родственных фамилий, образованных от того же корня, немного: Кистерев стоит особняком, не смешиваясь с более частыми Кистиным или Кистановым.

Версия о связи фамилии с географическим названием маловероятна: топонимов, созвучных «Кистерев», в России не зафиксировано. Таким образом, наиболее правдоподобным остаётся бытовое, ремесленное происхождение — от прозвища по роду занятий или внешнему признаку.