Фамилия Кистерко звучит на украинский или белорусский лад — суффикс -ко типичен для этих регионов и часто указывает на происхождение с территории современной Украины или юго-запада Беларуси. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, модель с -ко была распространена в казачьей среде и среди крестьянства, обозначая либо уменьшительную форму имени, либо прозвище по занятию или внешности.

Основа фамилии — «кистер» — скорее всего, восходит к слову «кисть». Тут возможны два значения. Первое, прямое: кисть руки. Прозвище Кистер могли дать человеку с заметными кистями рук — сильными, большими или, наоборот, изящными. Второе, ремесленное: на юге России и в Украине «кистером» иногда называли мастера, который делал кисти для письма или малярной работы. В словаре Даля слово «кисть» в производных формах встречается именно в значении инструмента маляра или иконописца.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Küster (пономарь, церковный служитель). Если предок был выходцем из немецких колонистов, фамилию могли переделать на славянский манер, добавив суффикс -ко. Однако для такого вывода нет устойчивой традиции — Кистерко встречается в основном в восточнославянской среде.

По географии фамилия редкая, но встречается в Черниговской, Сумской областях Украины и в приграничных районах России (Брянская, Курская области). Носители — в основном потомки крестьян или казаков, суффикс -ко указывает на недворянское происхождение. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах, насколько известно, нет.

Таким образом, Кистерко — это фамилия-прозвище, связанная либо с рукой, либо с ремеслом маляра, оформленная по южнорусской модели. Точное значение зависело от того, какую черту предка заметили окружающие.