Фамилия Кистер — один из тех случаев, когда прозвище или профессия предка «говорит» сама за себя, и ответ на вопрос «откуда она» лежит на поверхности. В основе лежит немецкое слово Küster. В немецких землях так называли церковного сторожа, пономаря, ризничего, а в некоторых диалектах — и могильщика. Человек, получивший такое прозвище, очевидно, служил при храме: следил за порядком, утварью, звонил в колокола.

Фамилия эта — не русская по корню, а принесённая. Она появилась на территории Российской империи вместе с переселенцами из Германии, особенно в Поволжье и в Прибалтике, где немецкие общины жили компактно. Позже, когда немцы ассимилировались или их фамилии записывали в русские документы, написание упростилось: немецкое Küster с умлаутом превратилось в русское «Кистер». Встречается и вариант с двумя «с» — «Кисстер», но он редок.

Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию с уменьшительной формой имени Кристиан. В немецком языке есть краткие варианты Kist или Kirst. От них могли образовать фамилию по той же модели, что и другие «имённые» фамилии. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, прозвище по должности встречается гораздо чаще, чем производное от редкой уменьшительной формы; во-вторых, сама профессия церковного служителя была настолько распространена в немецких городах и сёлах, что фамилии типа Küster, Mesner (пономарь), Sigrist (церковный сторож) — одни из самых типичных для немецкого ономастикона.

Иногда в интернете можно встретить попытки притянуть фамилию Кистер к еврейским «говорящим» фамилиям вроде Вейценбаум («пшеничное дерево») или Цигенбаум («козье дерево»). Но это путаница. Еврейские фамилии немецкого происхождения действительно часто были искусственными, составленными из двух корней (как в примерах выше), а фамилия Кистер — одноосновная, профессиональная. Она не имеет ничего общего с «козьим деревом» или «кислым потоком» — это чисто немецкая фамилия по должности, а не по произвольному признаку.

Что касается географии в России, то фамилия Кистер остаётся довольно редкой. Её можно встретить в Санкт-Петербурге, в Калининградской области (бывшая Восточная Пруссия), а также среди потомков поволжских немцев, которые после депортации 1941 года расселились по Сибири и Казахстану. Сословного барьера у фамилии не было: Küster мог быть как простым сторожем при деревенской кирхе, так и служащим при городском соборе, но в любом случае это занятие не относилось к высшему духовенству или дворянству.