Фамилия Кистерный — редкий случай, где сталкиваются две совершенно разные версии происхождения, и обе имеют право на существование. Разобраться, какая из них верна для конкретной семьи, можно только по документам, но сами варианты ведут в разные уголки истории.

Первая версия — географическая. Она связывает фамилию с конкретным местом на карте: хутором Кестери в Приекульской волости Либавского (ныне Лиепайского) уезда в Латвии. Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, то прозвище «Кестерный» (позже закрепившееся как фамилия) указывало на его происхождение. Такая модель образования фамилий от названий хуторов и мелких поселений типична для западных губерний Российской империи, где было сильно немецкое и латышское влияние.

Вторая версия — профессиональная и более распространённая. Согласно ей, фамилия Кистерный — это белорусская или западнорусская адаптация немецкой фамилии Кистер. Немецкое слово Küster означает «церковный сторож», «пономарь», «ризничий» или даже «могильщик». В католических и лютеранских общинах кистер отвечал за порядок в храме, утварь и колокольню. Прозвище Кистер, лёгшее в основу фамилии, чётко указывало на род занятий предка. При переходе в русскую языковую среду фамилия обрастала типичными суффиксами, в данном случае — -ный, который, скорее всего, появился по аналогии с другими фамилиями-прилагательными (Кузнечный, Пономарёв — но здесь иная модель). Суффикс мог также указывать на принадлежность: «Кистерный» — тот, кто относится к кистеру, либо сын кистера.

Версия с профессиональным корнем выглядит более убедительной: фамилии, образованные от названий должностей при храме, встречаются повсеместно, а вот привязка к конкретному хутору Кестери — единична и требует доказательств по семейной линии. Тем не менее, обе гипотезы не противоречат друг другу: носители фамилии могли появиться в разных регионах независимо — одни как потомки церковнослужителя, другие как переселенцы из латвийского хутора.