Фамилия Кистерная — редкий пример, где окончание указывает на женский род, но история происхождения при этом мужская. Перед нами не женский вариант фамилии, а форма именительного падежа прилагательного, застывшая в документах. В русской традиции такие фамилии на -ая чаще всего встречались на юге России и в украинских землях, где их не склоняли по мужскому и женскому роду, а записывали в исходной форме: Кистерная, Голодная, Безродная. Поэтому предок, носивший эту фамилию, был мужчиной, а его прозвище или профессия звучали так же — Кистерный.

Основа фамилии — «кистер» или «кистерь». Это слово многозначно, и здесь возможны два основных пути. Первый: «кистер» — диалектное название сундука, короба, ларя для хранения зерна или муки. В таком случае прозвище Кистерный могли дать либо мастеру, делавшему такие сундуки, либо крестьянину, который торговал зерном и держал большие закрома. Второй, не менее вероятный вариант: «кистер» — искажённое «кистень» (холодное оружие). В говорах встречается форма «кистерь» в значении «кистень», и прозвище могло закрепиться за человеком сильным, драчливым или носившим такое оружие при себе.

Интересна и словообразовательная модель. Суффикс -н- в фамилии Кистерная указывает на принадлежность или характерный признак: Кистерный — тот, кто связан с кистером. Это типичная модель для прозвищ, которые позже стали фамилиями. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от отчеств, Кистерная — это прямое прозвище, которое не нуждалось в посредничестве имени отца.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. В ревизских сказках XIX века можно найти упоминания крестьян с такой фамилией в Курской и Воронежской губерниях — тех самых местах, где форма на -ая была нормой. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано: она оставалась в среде крестьян и мещан, что подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.

Таким образом, фамилия Кистерная — не женская, а исторически мужская, образованная от прозвища, связанного либо с ремеслом (изготовление сундуков), либо с характером (носитель кистеня). Искать её корни стоит в южнорусских говорах, где слово «кистер» бытовало в быту и сохранилось в памяти местных жителей.