Фамилия Кижняева — редкий пример, в котором сошлись сразу две финно-угорские традиции: мордовская и коми-пермяцкая. Исходное слово, от которого пошла фамилия, могло значить «злой» или «тот, кто живёт на повороте» — в зависимости от того, какой язык считать основным.

По самой распространённой версии, фамилию образовали от имени Кижняй — производной формы старинного мордовского имени Кежень. Эрзянское слово «кежень» переводится как «сердитый, злой, злопамятный». Такие имена на Руси давали не в обиду, а как оберег: считалось, что ребёнок с «плохим» именем вырастет добрым и здоровым, потому что злые духи не позарятся на того, кто и так уже «злой». По этой логике основатель рода мог в младенчестве получить имя Кижняй как охранительное, а не как описание характера.

Вторая гипотеза отсылает к коми-пермяцкому глаголу «кежны» — «свернуть, повернуть, клонить». В этом случае фамилия пошла от прозвища Кижняй, которое давали человеку, жившему у поворота дороги, на обочине или на изгибе реки. Такие прозвища были привязаны к месту жительства и легко закреплялись за целым родом.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: основа Кижняй плюс типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ев (в женском роде — -а). Фамилия указывает на прямого потомка человека по имени или прозвищу Кижняй. Кижняевы — это «чьи?» — «Кижняевы дети».

Точных сведений о сословной принадлежности рода нет, но характер окончания (-ев, а не -ский) говорит о том, что фамилия формировалась в крестьянской или мещанской среде, а не в дворянской. Географически логичнее всего искать корни фамилии в регионах Поволжья или Прикамья, где традиционно жили мордва и коми-пермяки.

Спор между двумя версиями решается просто: обе правдоподобны, но мордовская опирается на устойчивую ономастическую модель (охранные имена от слов с отрицательным значением), а коми-пермяцкая — на более редкую, но тоже встречающуюся практику прозвищ по месту жительства. Какая из них верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования не скажешь, но обе дают фамилии глубину и связь с древними языками финно-угорских народов.