Фамилия Кизикова образована от прозвища Кизик, которое восходит к тюркскому слову «кизик» — так на юге России называли сухой навоз, резанный и формованный в кирпичи, используемый как топливо. Прозвище, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям: основатель рода мог торговать кизиком или заготавливать его. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кизиков, то есть сын или потомок Кизика.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам — территориям бывшего Дикого поля и казачьих областей, где степной кизик был привычным топливом. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, модель на -ов здесь закономерна, так как прозвище Кизик — мужского рода с нулевым окончанием.

Встречается и альтернативная версия: связь с тюркским личным именем Кизик (уменьшительная форма от Кызыл — «красный»). Но она менее вероятна, так как прозвище по роду занятий для крестьянской среды типичнее, чем редкое имя. Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии от названий видов топлива (например, Угольников) встречаются, хотя Кизиков стоит в ряду более локальных.

Фамилия недворянская — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или казаков южных губерний. Передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о степном быте и хозяйственной сметке предка, который нашёл применение тому, что другие считали отходами.