Фамилия Кизильбашева — редкая и географически привязанная. Её основа — мужское прозвище или, скорее, имя Кизильбаш. В русской традиции фамилии на -ев/-ов образуются от отчества: Кизильбашев — сын Кизильбаша. Женская форма Кизильбашева, соответственно, указывает на принадлежность к этому роду.

Само слово «кизильбаш» — это прямая транслитерация тюркского «кызылбаш» (красная голова). В XVI–XVII веках так называли иранских воинов-шиитов, которые носили красные чалмы с двенадцатью полосами — в честь двенадцати шиитских имамов. В русских дипломатических документах того времени «кизильбаши» — обычное обозначение персидских шахских войск. Однако в качестве личного имени или прозвища «Кизильбаш» могло закрепиться за человеком, который либо имел отношение к Персии (служил, торговал, был пленником), либо получил его за внешность — рыжие волосы или яркий румянец.

В фамилии прослеживается азербайджанский или персидский след. Судя по окончанию на -ев, а не на -оглы, носители фамилии — русские или обрусевшие потомки выходцев с Кавказа или из Закавказья. Фамилия почти не встречается за пределами России и, вероятно, бытовала в казачьих областях или на юге, где контакты с «кизильбашами» были часты. По сословной принадлежности предки Кизильбашевых могли быть как служилыми людьми (казаки, толмачи), так и купцами, торговавшими с Персией.

В XX веке фамилия стала редкостью — носители либо сменили её на более «русскую», либо утрачены в ходе миграций. Сегодня она сохранилась в единичных семьях, в основном на юге России и в Краснодарском крае.