Фамилия Кизименко — типичный пример украинской фамилии на -енко, которая в буквальном смысле означала «сын Кизима». Такой суффикс был характерен для Поднепровья и Левобережной Украины в XVI–XVII веках: он указывал на прямое родство, а со временем закрепился как наследственная фамилия. Поэтому главный вопрос — кто такой Кизим и откуда взялось это прозвище.

Самая убедительная версия связывает Кизима с польским именем Казимир. В украинской народной речи имя Казимир нередко сокращали до Кизим, отбрасывая часть корня. Само имя Казимир — древнее славянское сложение, где первая часть восходит к слову «казить» (разрушать, портить), а вторая — к «мир» (спокойствие, вселенная). По другой версии, вторая часть имени восходит не к «миру», а к «мер» — «великий», что меняет смысл на «разрушающий великое», но эта гипотеза менее распространена в ономастике.

Есть и альтернативное объяснение, хотя оно кажется менее вероятным: фамилия Кизименко могла быть фонетическим вариантом Казименко, а та, в свою очередь, ведет начало от мусульманского имени Казим. В переводе с арабского «Казим» означает «тот, кто не выплескивает свой гнев наружу, терпеливый». Но для украинской среды XVI–XVII веков арабский корень — экзотика, тогда как польско-славянское влияние на казацкую старшину было повсеместным.

Исторические документы подтверждают, что однокоренные именования встречались уже в XVI–XVII веках. В 1593 году в грамоте Бориса Годунова среди посольства запорожцев упоминается казацкий старшина Кызым. Позже известны Богдан Кизим и некто Кизименко — казацкие старшины первой половины XVII века. В документах 1649 года фигурирует казак Кизым Величенко, где форма «Величенко» указывает на ту же модель: «сын Велика». Таким образом, Кизименко в те времена понималось именно как «сын Кизима», то есть потомок человека с прозвищем или именем Кизим.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, что типично для фамилий на -енко. Встречается она и в России, куда попала вместе с миграцией украинского населения.