Вероятно, Кизим — украинский вариант польского имени Казимир, которое ведет свое начало от двух славянских слов «казить» - «разрушать» и «мир». Однако есть версия, согласно которой вторая часть имени восходит к слову «мер» - «великий». Согласно другой, менее вероятной гипотезе, фамилия Кизименко является фонетическим вариантом фамилии Казименко, которая ведёт начало от от мусульманского имени Казим, что в переводе с арабского означает «тот, кто не выплескивает свой гнев наружу, терпеливый». Однокоренные именования неоднократно документированы в XVI-XVII века. Так, в1593 году в грамоте Бориса Годунова в составе посольства запорожцев упоминается козацкий старшина Кызым. Также известны Богдан Кизим и некто Кизименко — казацкие старшины первой половины XVII века, в документах 1649 года упоминается казак Кизым Величенко. Поэтому Кизименко буквально понималось как «сын Кизима».