Фамилия Кизимишин — редкий пример того, как одно имя могло вобрать в себя сразу несколько культурных и языковых традиций. Скорее всего, в её основе лежит имя Кизимиша — украинская народная форма польского имени Казимир. В этой версии имя состоит из двух древних славянских корней: «казить» (разрушать) и «мир», то есть «разрушитель мира» или «тот, кто рушит покой врага». Правда, есть мнение, что вторая часть восходит не к «миру», а к слову «мер» в значении «великий», что даёт более мирное толкование — «великий в примирении» или «великий миротворец».

Однако история этой фамилии не ограничивается славянскими корнями. Существует иная, менее вероятная гипотеза: фамилия Кизимишин могла возникнуть как фонетический вариант фамилии Казимишин, которая, в свою очередь, ведёт начало от мусульманского имени Казим. С арабского оно переводится как «тот, кто не выплескивает свой гнев наружу, терпеливый». Если это так, то перед нами редкий случай, когда восточное имя дало жизнь русской фамилии через украинское посредничество.

Сама фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин: Кизимиша + -ин = «чей?» — «сын Кизимиши». Этот суффикс указывает на прямое родство, в отличие от -ов/-ев, который часто закреплялся за прозвищами. То есть носитель фамилии Кизимишин — прямой потомок человека по имени Кизимиша.

Исторические документы подтверждают, что однокоренные именования бытовали на юге Руси уже в XVI–XVII веках. В 1593 году в грамоте Бориса Годунова среди посольства запорожцев упоминается казацкий старшина Кызым. Чуть позже, в первой половине XVII века, известны Богдан Кизим и некий Кизименко — тоже казацкие старшины. А в документах 1649 года фигурирует казак Кизым Величенко. Все эти примеры показывают, что имя и фамилия были распространены именно в казачьей среде, на территории современной Украины и юга России. Таким образом, потомок человека по имени Кизимиша со временем и получил фамилию Кизимишин.