Фамилия Клачун — редкий случай, когда суффикс -ун сразу выдаёт прозвищное происхождение. В русской ономастике суффикс -ун характерен для имён, образованных от глаголов: он указывает на человека, склонного к определённому действию (крикун, молчун, ворчун). Основа фамилии — «клач», которая восходит к глаголу «класть» или его диалектным вариантам. В северных и сибирских говорах «клач» означало укладчика, того, кто кладёт снопы, дрова или камни в кладку. Вполне вероятно, что Клачуном называли плотника, каменщика или работника, занятого укладкой грузов.

Есть и другая, менее очевидная версия: связь с диалектным словом «клача» — так в некоторых регионах называли клячу, плохую лошадь. Прозвище Клачун могли дать либо человеку, работающему с лошадьми, либо тому, кого сравнивали с измученным животным за внешность или характер. Однако эта гипотеза слабее — суффикс -ун чаще прикрепляется к глагольным, а не к предметным основам, поэтому версия с «класть» выглядит правдоподобнее.

Фамилия Клачун не имеет типичного для русского ареала суффикса -ов или -ин, что говорит о её позднем закреплении или украинско-белорусском влиянии. В украинском языке суффикс -ун так же продуктивен (співак — співун), и фамилия Клачун могла возникнуть на юго-западных землях, где «клач» означало «кусок, ком» или «пучок» (например, сена). Тогда Клачун — работник, который вяжет снопы или собирает сено в клади.

Встречаемость фамилии сегодня низкая, она рассеяна: отдельные носители живут на Украине, в Беларуси и в южных областях России. Сословная принадлежность предков не прослеживается — в дворянских родословных книгах Клачуны не значатся, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах Черниговской и Полтавской губерний. По сути, Клачун — это профессиональное прозвище, которое закрепилось за родом, чьи предки занимались укладкой или вязкой, и сохранило в своей форме отзвук живой народной речи.