Фамилия Крачун звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу стоит сказать, что единой версии нет, и ономасты предлагают два основных пути, по которым могло пойти образование этой фамилии.

Первый и самый конкретный вариант — зоологический. В основе фамилии может лежать мирское имя или прозвище Крачун, которое дали по названию хищной птицы. Речь идёт не о коршуне или ястребе, а о более редком пернатом — Circaetus, или змееяде. Эта птица, близкая к орланам, известна своей необычной диетой: она выкармливает птенцов в основном змеями, хотя взрослые особи могут охотиться и на других пресмыкающихся, земноводных и мелких зверьков. Прозвище Крачун могли дать человеку либо за острое зрение, либо за особую манеру поведения, либо просто как оберег — чтобы ребёнок был таким же зорким и неуязвимым, как змееяд.

Вторая гипотеза отсылает нас к южнославянским языкам. Возможно, прозвище Крачун этимологически связано с сербо-хорватским глаголом «крачати» — «шагать». В этом случае Крачуном могли прозвать человека со степенной, размеренной походкой, который ходил широко, «крадучись» или, наоборот, важно, вышагивая. Эта версия объясняет и характерный суффикс -ун, который в славянских языках часто образует прозвища по действию: бегун, крикун, молчун — и, соответственно, Крачун как «тот, кто крачит», то есть шагает.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Крачун — это застывшее прозвище без дополнительного суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Такая форма типична для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии могли записывать в чистом виде, без добавления патронимического окончания. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был не из центральных или северных областей России, а с юга или запада.

География бытования фамилии это подтверждает: Крачуны встречаются на Украине, в Молдавии, на юге России и в румыноязычном ареале, где слово «крачун» может означать и «рождество» (от лат. creatio — рождение). Впрочем, связь с праздником менее вероятна для фамилии, чем с птицей или походкой — такие прозвища обычно были более бытовыми и наглядными.