Фамилия Карачун относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от мирского имени. Скорее всего, фамилия Карачун образована от украинского слова «карачун» - «смерть, погибель». Вероятно, в ее основе лежит нецерковное имя. Однако не исключено, что фамилия Карачун происходит от прозвища, которое мог получить разбойник или человек, претерпевший в жизни много лишений. По другой версии, это прозвище имеет тюркские корни и восходит к слову «karaca», которое переводится на русский язык как «темноволосый, смуглый», либо к «qaracy» - «верный слуга, наблюдатель», «пехотинец». Таким образом, прозвище Карачун могло указывать на внешние особенности, либо на род занятий предка. Позже имя Карачун, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.