Основой фамилии Карачунова послужило мирское имя Карачун. Скорее всего, фамилия Карачунова образована от украинского слова «карачун» - «смерть, погибель». Вероятно, в ее основе лежит нецерковное имя. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Карачун. Однако не исключено, что фамилия Карачунова происходит от прозвища, которое мог получить разбойник или человек, претерпевший в жизни много лишений. По другой версии, это прозвище имеет тюркские корни и восходит к слову «karaca», которое переводится на русский язык как «темноволосый, смуглый», либо к «qaracy» - «верный слуга, наблюдатель», «пехотинец». Таким образом, прозвище Карачун могло указывать на внешние особенности, либо на род занятий предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карачун, со временем получил фамилию Карачунова.