Фамилия Карачунова происходит от мужского прозвища или мирского имени Карачун. Самая прямая и очевидная версия связывает её с украинским словом «карачун» — так в народе называли смерть, погибель, а также злого духа. Звучит мрачно, но в бытовой ономастике такие «обережные» имена давали намеренно: родители надеялись, что злые силы не позарятся на ребёнка с плохим именем, и он вырастет здоровым и красивым. Поэтому Карачуном могли назвать мальчика именно с противоположным смыслом — чтобы отвести беду.

Не исключено, что прозвище Карачун закрепилось за взрослым человеком. Так могли назвать разбойника, лихого человека или того, кто перенёс много горя и лишений, — то есть прозвище отражало тяжёлую судьбу или опасный нрав.

Есть и тюркская версия происхождения. В тюркских языках есть слово «karaca» — «смуглый, темноволосый», а также «qaracy» — «верный слуга, наблюдатель» или «пехотинец». Если принять эту гипотезу, то прозвище Карачун могло указывать либо на внешность предка (смуглая кожа, тёмные волосы), либо на его род занятий или социальное положение. Эта версия правдоподобна, учитывая давние контакты славянских и тюркских народов, но менее распространена, чем славянское объяснение.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Карачун добавился суффикс принадлежности -ов, а затем фамилия «обрусела» до формы Карачунова. Такая модель типична для фамилий, которые закрепились в центральных и южнорусских регионах, а также на Украине. Сейчас фамилия встречается нечасто, но её носители живут в разных областях России и странах бывшего СССР.