Фамилия Карачунский — редкий случай, когда за основой стоит не имя и не профессия, а древнее название зимнего солнцестояния. В славянской народной традиции «Карачун» (или «Корочун») называли самый короткий день в году и одноимённое злое божество, «укорачивающее» световой день. Прозвище Карачун могли дать человеку, родившемуся в этот период, либо мрачному, нелюдимому — по ассоциации с суровым духом тьмы.

Суффикс -ский указывает на то, что фамилия сформировалась в среде польской или украинской шляхты, а также духовенства. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, которые просто обозначали «сын такого-то», окончание -ский чаще всего означало принадлежность к месту или роду: Карачунский — «из рода Карачуна» или «владелец Карачунова». На это же намекает и возможное происхождение от топонима: в Польше и на Западной Украине есть несколько мелких селений с корнем «Карачун» (например, Карачуны в Гродненской области), и фамилия могла возникнуть как указание на выходца оттуда.

Написание с «ч» (а не с «ц» или «к») — более архаичное, южнорусское или белорусское. В польском варианте фамилия звучала бы как Karaczuński, и в документах Российской империи её часто записывали на слух, из-за чего встречаются формы Карачунский и Корочунский. Сословная принадлежность носителей была разной: среди дворянских родов эта фамилия не зафиксирована в «Общем гербовнике», зато в метрических книгах XIX века Карачунские встречаются среди мещан и однодворцев южных губерний — Черниговской, Полтавской, Екатеринославской.

Таким образом, Карачунский — фамилия с мощным языческим подтекстом, почти уникальная по семантике. Её носители, скорее всего, были либо потомками человека с прозвищем Карачун, либо выходцами из одноимённого хутора. Связь с зимним солнцестоянием сохранилась только в памяти корня: в быту уже в XVIII веке прозвище утратило мистический оттенок и воспринималось как личное имя.