Фамилия Карачунская — женская форма от Карачунский, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии. Это типичная фамилия для украинского и южнорусского пограничья, особенно для Черниговщины, Полтавщины и прилегающих районов Брянской области. Суффикс -ский/-цкий указывает на дворянское или шляхетское происхождение в XVI–XVII веках, но в реальности такую фамилию мог получить и крестьянин, переселённый в село с названием вроде Карачун или Карачуны.

Основа «Карачун» в славянской ономастике многозначна. Самое очевидное — древнерусское слово «карачун» (или «корочун»), означавшее зимний солнцеворот, день зимнего солнцестояния, а в переносном смысле — внезапную смерть, конец. В народных говорах так называли злого духа, насылающего стужу. Однако прозвище Карачун в XVI–XVII веках давали не за мрачный нрав, а, скорее всего, человеку, родившемуся в декабре, либо тому, кто пережил тяжёлую болезнь — «самого карачуна перемог».

Есть и топонимическая версия. В Украине и Беларуси встречаются хутора и урочища Карачун (например, село Карачун под Ровно или урочище Карачун в Житомирской области). Переселенцы, переехавшие в другое место, получали фамилию по покинутому селу. В этом случае Карачунский — не «сын Карачуна», а «выходец из Карачуна». Похожая модель у фамилий Збаражский, Острожский, Дубенский.

Ещё один пласт — тюркский. В тюркских языках «кара чун» означает «чёрный год» или «чёрный день», но для русской фамилии это скорее случайное созвучие, чем прямая основа. Прямых доказательств тюркского происхождения у Карачунских нет.

Сословный состав фамилии пёстрый. В метриках XIX века по Черниговской губернии Карачунские встречаются и среди казаков, и среди мещан, и среди однодворцев. Дворянский род Карачунских не входит в основные родословные книги, что говорит о позднем, неслужилом происхождении большинства ветвей. Фамилия нередкая, но и не массовая: по данным переписей XX века, её плотность выше всего на востоке Украины и юго-западе России.

Если вы Карачунская, ваши предки с большой вероятностью жили в окрестностях Чернигова или Полтавы, а фамилия закрепилась либо по прозвищу, связанному с зимним временем, либо по названию небольшого села, которое уже могло исчезнуть с карты.