Фамилия Карчун — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, но словообразовательная модель подсказывает, откуда её ждать. Суффикс -ун в русских фамилиях характерен для прозвищ, образованных от глаголов: бегун, говорун, крикун. Карчун, вероятно, восходит к южнорусскому или украинскому глаголу «карчить» — корчить, сводить судорогой, гнуть. Прозвище Карчун могли дать человеку с заметной манерой двигаться, сутулому или тому, кого «корчило» от болезни. В украинских говорах есть и другое значение — «карч» (пень, коряга), и тогда Карчун — это человек, похожий на корягу: коренастый, крепкий, неуклюжий.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «карча» (старик, почтенный человек) или с диалектным «карчить» в значении «ворчать, брюзжать». Однако фонетика фамилии (отсутствие смягчения, твёрдое -ч-) склоняет к славянской основе: в русских и украинских фамилиях на -ун ударение почти всегда падает на суффикс, как и в Карчуне.

Географически фамилия тяготеет к западно- и южнорусским областям, а также к Украине. Встречается она нечасто, и это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, не были дворянами или духовенством — фамилии на -ун закреплялись в крестьянской и казачьей среде, где прозвища давали по внешности или поведению.

В отличие от более распространённых Карповых или Карташовых, Карчун не имеет однозначной «профессиональной» версии. Его уникальность — именно в глагольной основе и суффиксе, который превращает действие в устойчивую характеристику человека. Если бы предок был «карчом» (пнём), фамилия скорее звучала бы как Карчев или Карчов; суффикс -ун указывает на активный признак: «тот, кто карчит».