Фамилия Клепенов — редкий случай, когда разбор упирается не в прозвище или профессию, а в диалектное слово с узким ареалом. Основа здесь — «клепен», и сразу отпадает версия с растением «клевер» или птицей «клест»: фонетически они не дают нужной формы. Куда вероятнее, что в основе лежит глагол «клепать» в одном из его старых значений. В северных и сибирских говорах «клепать» означало не только «заклепывать металл», но и «клеветать», «наговаривать», «сплетничать». Соответственно, «клепен» — человек, который любит пустые разговоры или занимается наговорами. Прозвище малоприятное, но в крестьянской среде такие давали без злого умысла, скорее для меткой характеристики.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Клепенов — сын Клепена. Фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, что типично для поздних фамилий XVI–XVII веков, когда в ход пошли бытовые характеристики. Интересно, что параллельно существует фамилия Клепанов — от того же корня, но с другим суффиксальным оформлением. Клепенов встречается реже, и это может говорить о более локальном бытовании — возможно, в районах Вологодчины или Архангельской губернии, где диалектное «клепать» в значении «клеветать» фиксируется этнографическими словарями.

Есть и альтернативная версия, менее распространенная: «клепен» могло быть вариантом слова «клепень» — так в некоторых говорах называли кожаный ремень или застежку. Тогда прозвище получал шорник или мастер по кожаным изделиям. Но здесь меньше фонетических подтверждений: форма «клепен» без мягкого знака на конце для ремесленного термина нетипична. Поэтому версия с «клепать-болтать» выглядит более обоснованной — она опирается на живую глагольную основу и типичный для прозвищ перенос значения.

В дореволюционных источниках фамилия почти не мелькает: нет ни дворянских родов, ни купеческих династий Клепеновых. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, скорее всего, из глухих уездов Русского Севера. Сегодня она остается редкой — носителей можно пересчитать по пальцам, что делает её настоящей редкостью для генеалогического поиска.