Фамилия Клеперова — женская форма, а её мужской вариант, Клеперов, образован по стандартной для русских фамилий модели с суффиксом -ов. Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или именование Клепер. Суффикс -ов (а не -ин) говорит о том, что исходное слово было мужского рода и, вероятно, оканчивалось на твёрдый согласный.

Корень фамилии — «клепер» — вызывает интерес. В русском языке это слово не является общеупотребительным. Самая вероятная версия связывает его с немецким «Klepper» — так в некоторых немецких диалектах называли лошадь, чаще небольшую, рабочую или старую. В России это слово могло закрепиться как прозвище для человека, имевшего дело с лошадьми: конюха, извозчика, барышника. Не исключено, что прозвище дали за внешнее сходство — за крепкое телосложение или невысокий рост. В этом случае фамилия Клеперов относится к «профессиональным» или «прозвищным» и уходит корнями в ту социальную среду, где лошадь была главным помощником.

Есть и более редкая, но возможная версия: «клепер» могло быть искажением от «клевер» (растение) или от личного имени Клеопатр (через сокращение Клепа). Однако эти гипотезы слабее, так как не объясняют устойчивого написания через «е» и не имеют широкого распространения в ономастических источниках. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде, где был силён контакт с немецкими или прибалтийскими говорами — например, среди крестьян или ремесленников западных губерний Российской империи.

Фамилия Клеперова встречается нечасто, и её географическая привязка размыта. Это не массовая крестьянская или дворянская фамилия, а скорее локальная, что делает её особенно ценной для семейных исследований. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в документах XIX века по тем регионам, где были развиты конные заводы или где проживали немецкие колонисты.