Фамилия Клепинина — отчество второго порядка, то есть «сын Клепина, внук Клепы». В основе лежит прозвище Клепа, которое связывают со словом «клепать». У этого глагола два основных значения, и каждое открывает свой путь к происхождению фамилии.

Первое значение — ремесленное: скреплять металлические детали холодной ковкой. Клепальщик — одна из старейших профессий в обработке металла, без него не обходилось ни кузнечное, ни корабельное, ни строительное дело. В этом случае прозвище Клепа получал человек, занятый таким трудом. Второе значение — переносное, разговорное: клеветать, наговаривать. Тогда прозвище могли дать тому, кто был уличен в недобрых словах или привычке возводить напраслину.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия: прозвище Клепа могло относиться к пушному промыслу. В русских говорах «клепать» иногда означало сбивать, сколачивать, а в контексте охоты — обрабатывать шкурки. Однако эта гипотеза уступает двум первым по распространённости и документальной поддержке.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Клепин), а окончание -а — на женскую форму, которая в русской традиции закрепилась как фамильная для потомков по мужской линии. Таким образом, Клепинина — это не «женская» фамилия в современном бытовом смысле, а историческая форма отчества: «дочь/жена Клепина», перешедшая в родовое имя. Сравните с однокоренными Клепин, Клепачёв, Клепалов — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, указывающими на разные говоры и эпохи.