Фамилия Клизубов — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет однозначного толкования и заставляет задуматься о языке наших предков. Самая распространённая версия связывает её с диалектным словом «клизуб» — так в некоторых русских говорах называли упрямого, неуступчивого человека, того, кто «клинит» и стоит на своём. Если принять эту версию, то фамилия образована по простой и типичной модели: прозвище Клизуб плюс патронимический суффикс -ов, означающий «сын Клизуба» или «из рода Клизуба».

Но здесь есть и другой, более редкий поворот. Основа «клиз-» может восходить к глаголу «клизнуть» (ударить, хлестнуть) или даже к слову «клиз» в значении «кнут, плеть». В таком случае прозвище мог получить человек с резким, «бьющим» языком или даже мастер, делавший кнуты. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -уб в русских прозвищах чаще указывает на свойство характера или внешности (ср. «голозуб», «кривозуб»), чем на орудие труда.

Фамилия довольно редкая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в одном из южнорусских или центральных регионов, где диалектная лексика была особенно богата. Встречаются однокоренные варианты — Клизубенко, Клизубский, — но именно форма на -ов осталась основной. Социальный статус первых носителей, как и у большинства крестьянских фамилий, был невысок: прозвище давали не для красоты, а для точной характеристики человека в общине. Упрямство в крестьянском быту ценилось двояко — и как порок, и как необходимое качество для выживания, поэтому прозвище могло быть не обидным, а констатирующим.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается эпизодически, в основном в документах Курской и Воронежской губерний. После революции, с отменой сословных перегородок, она распространилась шире, но так и осталась немногочисленной. Сегодня её носители живут по всей России, но наибольшая концентрация — в Центральном Черноземье.