Фамилия Клобовиук — редкий пример, где славянская основа столкнулась с нетипичным для русских фамилий окончанием. Если отбросить суффикс -ук, который в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на сына или ученика (сравните: Ковальчук, Павлюк), то корень «Клобов-» заставляет задуматься. Самое логичное объяснение — связь со словом «клоб» или «клобук». В старорусском языке «клобук» — это головной убор, чаще монашеский, но также и высокая шапка знатного человека. Однако фамилия могла родиться не от самого предмета, а от прозвища Клоб — человека, который постоянно носил такой убор или, возможно, шил их.

Суффикс -ук особенно характерен для западных регионов: Беларуси, Волыни, Подолья, а также для украинского Полесья. Поэтому Клобовиук — скорее всего, фамилия с западноукраинскими или белорусскими корнями. Интересно, что в русском языке более привычной была бы форма Клобуков (от «клобук»), но здесь мы видим изменённую основу «клобов». Это может быть диалектное произношение или результат адаптации польского написания: польское «kłobuk» (шляпа, колпак) при переходе в кириллицу могло дать «клобов» через звук [ł], который на слух воспринимался как нечто среднее между «л» и «в».

Версия о ремесле выглядит правдоподобно: предок мог быть скорняком или шапочником, специализировавшимся на «клобуках». Менее вероятна, но не исключена связь с личным именем Клоб, которое могло быть прозвищным — так могли назвать человека сутулого или с крупной головой, напоминающей колпак. Поскольку фамилия недворянская и не встречается в старых боярских списках, её носители, скорее всего, происходили из ремесленной или крестьянской среды, где прозвища давали по внешности или занятию.

Написание «Клобовиук» (с двумя гласными в конце) — ещё одна особенность, указывающая на то, что фамилия могла быть записана в документах с ошибкой или под влиянием местного говора, где ударный «у» растягивали. Встречается вариант Клобовюк — без лишней буквы «и», что более логично для суффикса -ук.