Фамилия Клобукова образована от прозвища Клобук — так в старину называли головной убор монаха или высокую шапку, похожую на колпак. Слово «клобук» заимствовано из тюркских языков (сравните с турецким kalpak — шапка) и на Руси ассоциировалось прежде всего с духовным сословием: чёрный клобук — обязательная часть облачения православных монахов. Однако прозвище Клобук могли дать и светскому человеку — за любовь к высокой шапке, за сходство с монахом по поведению или даже за профессию: на Руси были мастера-клобучники, шившие такие головные уборы.

Модель образования фамилии простая: к основе Клобук добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. По законам русской ономастики фамилия Клобуков (и её женская форма Клобукова) указывает на родство: «чей?» — сын Клобука, потомок человека с таким прозвищем. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, и говорит о том, что фамилия сложилась в центральных и северных регионах России, где эта модель преобладала.

Интересная деталь: фамилия Клобуков встречается в документах XVII века. Например, в переписных книгах по Вологде и Устюгу упоминаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем. Это значит, что Клобуковы не обязательно были монахами или священниками — прозвище могло закрепиться за ремесленником или за человеком с яркой внешностью, носившим необычный головной убор.

Женская форма Клобукова, как правило, не несёт отдельного смысла — это указание на жену или дочь Клобукова. В современных реалиях фамилия встречается нечасто, но сохраняет память о старом русском быте и о том, как слово из церковного обихода перешло в фамильное прозвище.