Фамилия Клобучар — редкий случай, когда профессиональное прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая типовыми суффиксами. Её основа — слово «клобучар», то есть мастер, делающий клобуки. В древнерусском языке клобуком называли не только монашеский головной убор, но и шапку вообще, а также мешок или колпак. Соответственно, Клобучар — это скорняк, шапочник или ремесленник, шивший головные уборы.

Словообразовательная модель здесь необычна. Большинство русских фамилий, образованных от названий профессий, используют суффиксы -ов/-ев или -ин: Кузнецов, Плотников, Ткачёв. Клобучар же остался в чистом виде — как прозвище, которое закрепилось в качестве фамилии без наращения. Такое встречается у фамилий, которые возникли позже или на периферии, где стандартные модели не успели вытеснить исходную форму. В украинской и белорусской ономастике подобные «голые» профессионализмы встречаются чаще, так что можно предположить западнорусское или малороссийское происхождение фамилии.

В русских говорах слово «клобук» имело и переносное значение — так могли назвать человека с большой или необычной шапкой, а в некоторых диалектах — даже медлительного или неуклюжего. Однако для фамилии Клобучар первична именно ремесленная версия: суффикс -ар (как в словах гончар, пекарь, псарь) однозначно указывает на деятеля. Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий она не значится, но встречается в единичных записях по югу России и Украине. В отличие от фамилии Клобуков (от той же основы, но с патронимическим суффиксом), Клобучар — прямое указание на занятие предка.