Фамилия Клоконос — редкий случай, когда прозвище-основа почти наверняка пришло не из славянских языков, а из балтийских. В основе лежит литовское kloka — «растяпа», то есть неловкий, неуклюжий человек. Такое прозвище могли дать медлительному или рассеянному предку. Это не единственная версия, но самая прямая: литовский корень объясняет и необычное звучание, и то, что фамилия не вписывается в типичные русские модели прозвищ от ремёсел или внешности.

Вторая гипотеза связывает прозвище Клокон с польским и украинским kloc — «бревно, колода». Тогда прозвище указывало бы либо на крупное телосложение, либо на занятие плотника. Однако слово kloc дало бы скорее фамилию Клоц или Клочков, а форма Клоконос с суффиксом -он и окончанием -ос выглядит искусственной для восточнославянской ономастики. Поэтому балтийская версия выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ос в фамилии — не типичный русский патронимический суффикс (-ов, -ин, -ский), а скорее украинизированное окончание, закрепившееся в южнорусских говорах. Фамилия бытовала в Крыму: в Книге памяти Автономной Республики Крым упоминается Клоконос Василий Дмитриевич, 1908 года рождения, уроженец Керчи, работавший администратором «МюзикХола». Это подтверждает, что фамилия встречалась в причерноморских регионах, где смешивались украинские, русские и тюркские влияния.

Словообразовательная модель проста: основа Клокон- + окончание -ос. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, здесь нет указания на принадлежность отцу (чей сын). Фамилия застыла в форме прозвища, что характерно для украинских и белорусских фамилий, не прошедших стандартную патронимизацию. Сравните с однокоренными Клок, Клоков, Клочко — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Клоконос — более архаичная форма, сохранившая исходное прозвище почти без изменений.

Таким образом, носители фамилии Клоконос, скорее всего, происходят из западнорусских или украинских земель, где контакт с литовским языком был исторически обычен, а прозвище, данное неловкому или неуклюжему человеку, закрепилось в неизменном виде.