Фамилия Клоновец — редкий пример, когда прозвище, а затем и фамилия, образованы не от имени или занятия, а от конкретного исчезнувшего места. Основа здесь — топоним Клоново, и носитель фамилии, скорее всего, потомок уроженца этого села.

Клоново — не просто деревня, а место с драматичной историей. Село стояло на северном берегу Клоновского озера, в центральной части нынешнего Виноградовского района Архангельской области. В XVI веке эти земли были ареной острого конфликта: в 1574 году крестьяне соседней Конецгорской волости сожгли Клоновский монастырь. Причина — многолетние поземельные споры: монастырь эксплуатировал крестьян, и те решились на крайние меры, чтобы избавиться от гнета. После этого долгое время существовала Клоновская волость, пока в 1871 году её не сменила Ростовская. А после Великой Отечественной войны Клоново начало вымирать — не было электричества. Дома разобрали и перевезли в центральную усадьбу Конецгорского сельсовета. Сейчас на картах — только урочище Клоново.

Суффикс -ец в фамилии Клоновец — типичный для прозвищ, указывающих на выходца из определённой местности (ср. Тамбовец, Ростовец). Человек, переселившийся из Клоново в другое село или город, получал прозвище Клоновец, которое затем закрепилось как фамилия.

Сам топоним Клоново вызывает споры. Первая версия: от старинного имени Клеоник (греч. «победитель»), которое в народной речи могло упроститься до Клон. Вторая: от нарицательного «клён» — то есть место, где росло много клёнов. Какая из них вернее, сказать сложно, но связь с греческим именем выглядит чуть более правдоподобной для северных русских земель, где клён не так распространён.