Фамилия Клопатовский образована от названия населённого пункта с помощью суффикса -ский, который в польской и западнорусской традиции указывал на дворянское или шляхетское происхождение. В основе фамилии лежит топоним Клопатов, Клопатово или Клопатовка — названия деревень, нередких на территории современной Польши, Беларуси и Украины. Само название села, скорее всего, произошло от прозвища или нецерковного имени Клопат, которое могло быть связано с глаголом «клопотать» (хлопотать, заботиться) или с диалектным словом «клопат» — беспокойство, хлопоты. Таким образом, Клопатовский — это «тот, кто родом из Клопатова» или «потомок Клопата».

Версия о происхождении от насекомого «клоп» маловероятна: в славянской ономастике прозвища от названий насекомых встречаются, но суффикс -ский для них нехарактерен. Обычно фамилии вроде Клопов или Клопиков образуются с суффиксами -ов/-ев, а -ский почти всегда указывает на географическую привязку. Поэтому основная гипотеза — топонимическая.

В Российской империи фамилия Клопатовские встречалась в основном среди мелкопоместной шляхты западных губерний — Виленской, Гродненской, Волынской. После разделов Речи Посполитой многие носители такой фамилии переходили в податные сословия, теряя дворянские привилегии. Встречается фамилия и в польском написании — Kłopatowski, что подтверждает её западнославянские корни.

Сейчас фамилия редкая, её можно найти преимущественно в Беларуси, на западе Украины и среди потомков эмигрантов в Польше. В России она практически не бытует, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили Клопатовских, то почти наверняка они происходят из бывших земель Великого княжества Литовского.