Фамилия Клопнев образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Клопн(ь). Вопрос в том, от какого именно слова пошло это прозвище.

Самая прямая версия — от названия насекомого «клоп». Но форма Клопн-ев подсказывает, что исходным было не существительное «клоп», а прилагательное или прозвищное имя Клопной, Клопный. В русских говорах «клопным» могли называть человека неопрятного, неряшливого, либо того, кто живет в тесноте и грязи, где водятся клопы. Прозвище давалось не в обиду, а как бытовая характеристика: «Эй, Клопной, подвинься». От него пошла фамилия Клопнов, а форма Клопнев — результат фонетического смягчения или диалектного произношения.

Вторая версия, менее очевидная, связывает фамилию с топонимом. В России есть несколько деревень Клопово, Клопники. Житель такой местности мог получить прозвище Клопнев — «выходец из Клопова». Но в этом случае ожидалась бы фамилия Клоповский или Клопов, а не Клопнев. Поэтому версия с прозвищем выглядит правдоподобнее.

Интересно, что фамилия Клопнев — редкая. Она почти не встречается в центральных областях, но фиксируется в северных регионах, особенно в Архангельской и Вологодской губерниях. Там суффикс -ев в фамилиях от основ на твердый согласный — обычное дело из-за местного аканья и смягчения. То есть носитель фамилии с большой вероятностью — потомок крестьянина с Русского Севера, которого в XVII–XVIII веках прозвали Клопным за бытовую неустроенность или за то, что он жил в курной избе.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются как типичные для народной ономастики: прозвище от названия насекомого, но не прямое, а через притяжательную форму. Так что Клопнев — не «сын клопа», а «сын Клопного». Разница тонкая, но важная для понимания того, как наши предки давали имена.