Фамилия Клыпкина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Клыпкин. Это классическая русская фамилия, образованная по модели «прозвище/имя + суффикс -ин». Суффикс указывает на принадлежность: Клыпкин — это «сын Клыпки» или «человек из семьи Клыпки».

Главная загадка — в основе «Клыпк-». В русских говорах слово «клыпка» не зафиксировано как общеупотребительное. Скорее всего, это не имя, а прозвище, образованное от диалектного глагола или существительного. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с глаголом «клыпать» (или «клыпаться») — в псковских и тверских говорах это значит «ковылять», «хромать», «идти вразвалку». Прозвище Клыпка могли дать человеку с характерной походкой. Подтверждает эту версию и то, что фамилия встречается преимущественно на северо-западе России — в Псковской, Новгородской, Тверской областях. Там же распространены однокоренные фамилии Клыпин, Клыпов.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь со словом «клык». В старину «клыпа» могло быть уменьшительным от «клык» (сравните «рыба — рыбка»). Тогда прозвище Клыпка дали бы человеку с заметными, выступающими зубами. Однако в этом случае логичнее было бы образование формы «Клыков» или «Клычкин». Вариант с суффиксом -к- и последующим -ин встречается реже, что делает версию с «клыпать» более обоснованной.

Сословно фамилия Клыпкин — крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах Клыпкины чаще всего значатся как государственные крестьяне или мещане небольших уездных городов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, что тоже говорит в пользу её узкого диалектного происхождения.