Фамилия Клыпко построена по той же прозрачной модели, что и Иваненко или Шевченко: суффикс -ко в украинской традиции указывал на происхождение по отцу или на принадлежность. Если Иваненко — это «сын Ивана», то Клыпко — «сын Клыпа» или «маленький Клып». Основа здесь — прозвище Клып.

Что могло означать само прозвище? Самая прямая версия — от слова «клып» в юго-западных говорах, где так называли деревянную колодку, обрубок или чурку. Прозвище могли дать человеку коренастому, плотному, либо тому, кто работал с деревом — бондарю или столяру. Менее вероятная, но возможная связь — с диалектным глаголом «клыпать» (хромать, припадать на ногу). В этом случае прозвище досталось бы хромому предку.

Встречается фамилия в основном на западе и в центре Украины, особенно в Черкасской и Винницкой областях. В России она редка и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины. Словообразовательная модель с суффиксом -ко (ср. Клыпко, Терешко, Яценко) в XVII–XVIII веках была одной из самых распространённых на Левобережье, поэтому фамилия могла возникнуть и как патроним, и как прозвищное именование, позже закрепившееся за родом.