Фамилия Кыпко — редкая и с неочевидной этимологией. В ней сразу бросается в глаза нехарактерный для русских фамилий корень «кып-». Такое начало чаще встречается в тюркских языках, где «кып» может означать «сжимать», «схватывать» или входить в состав этнонимов (ср. «кыпчак» — половец). Однако фамилия оформлена по восточнославянской модели: суффикс -к- (уменьшительный или принадлежностный) и типичное украинское окончание -о.

Вероятнее всего, Кыпко — украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища Кып. Что могло означать это прозвище? Первая версия — от глагола «кыпать» (в диалектах — «кивать», «качать головой» или «суетиться»). Тогда Кып — человек с привычкой кивать, либо суетливый. Вторая версия связывает фамилию с украинским «кипіти» — «кипеть». Прозвище Кып могли дать вспыльчивому, горячему человеку. Третья, менее вероятная, — тюркское заимствование: «кып» как «мера длины» (локоть) или «короткий»; в этом случае прозвище относилось бы к невысокому человеку.

Суффикс -к- в украинских фамилиях часто указывает на уменьшительную или ласкательную форму: Кыпко — буквально «маленький Кып» или «сын Кыпа». Окончание -о типично для украинских фамилий на -ко (Ковалько, Гринько). По сословной принадлежности носители такой фамилии скорее всего были крестьянами или казаками — в среде украинского и южнорусского крестьянства такие прозвищные фамилии формировались массово в XVII–XVIII веках.

Географически фамилия Кыпко встречается в основном на Украине (особенно в центральных и восточных областях) и в прилегающих регионах России. Встречаемость низкая, что подтверждает её редкий, локальный характер. Родственных фамилий с тем же корнем почти нет — можно назвать разве что Кыпа, Кыпин, но они единичны.

Таким образом, Кыпко — прозвищная фамилия украинского происхождения, скорее всего связанная с характером или поведением предка (кивающий, вспыльчивый) и закрепившаяся в форме «сын Кыпа».