Фамилия Кипко образована не от имени, а от прозвища, и её основа — короткое, но ёмкое слово «кипка». В южных и западных русских говорах, а также в украинском и белорусском языках кипкой называли шапку, колпак или меховую опушку на шапке. Человек, носивший такую шапку или торговавший ею, мог получить прозвище Кипка, а его потомки — фамилию Кипко.

Суффикс -ко указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -ко (Кипко, Шевченко, Бондаренко) — одна из самых распространённых моделей. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые означают «чей?» (чей сын? Кипкин), украинское -ко в прошлом могло передавать значение уменьшительности или принадлежности к роду. Однако в фамилии Кипко суффикс не добавляет нового смысла к прозвищу, а лишь оформляет его по местной грамматической традиции.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований: основа «кип-» может восходить к глаголу «кипеть» или существительному «кипень» (пена). В таком случае прозвище Кипка могли дать человеку с крутым, «кипучим» нравом или, напротив, слишком вспыльчивому. Однако первое объяснение — через головной убор — поддерживается тем, что слово «кипка» зафиксировано в диалектных словарях именно как название шапки, тогда как связь с кипением для прозвища менее типична.

Фамилия встречается в основном на Украине, в Беларуси и в южных областях России. Встречаются также однокоренные фамилии Кипко-Кипка, Кипкин, Кипля, что подтверждает бытование прозвища в разных формах. Сословной принадлежности у фамилии нет: Кипко мог быть и крестьянином, и казаком, и мещанином — прозвище отражало внешность или занятие, а не социальный статус.

В современных справочниках фамилия Кипко не относится к числу самых частых, но и не является исчезающей. Носители фамилии живут не только в славянских странах, но и в диаспоре, сохраняя связь с прозвищем предка, который выделялся своей шапкой.