Фамилия Клыпуто — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на стандартные русские модели на -ов/-ин, а на суффикс -ут- (-ут) и финаль -о. Такое окончание характерно для украинских и белорусских фамилий, где -о часто закрепляется в именительном падеже (как в фамилиях Ткачук, Коваль, но с другим суффиксом). В данном случае основа «Клып-» и суффикс -ут- образуют прозвище: Клыпуто — это человек с определённой чертой, названный по глаголу или существительному.

Корень «клып-» — тёмный. В русских говорах нет широко распространённого слова «клып» или «клыпать». Можно предположить связь с украинским «клепати» (клепать, стучать, отбивать косу) или «клепка» (часть бочки), но переход «е» в «ы» нехарактерен. Более правдоподобна версия, что это вариант фамилии Клепуто или Клепато, где «клеп» — от «клепать» в значении «болтать, говорить вздор» (в южнорусских говорах). Тогда Клыпуто — прозвище говорливого человека или пустомели. Суффикс -ут- в украинских и белорусских прозвищах часто придаёт оттенок носителя признака: «клепуто» — тот, кто клеплет.

Альтернативная гипотеза — связь с диалектным «клыпа» (заяц, косой) или «клыпать» (ковылять, хромать). Тогда Клыпуто — прозвище хромого или неуклюжего человека. Эта версия слабее, потому что слово «клыпа» в значении «заяц» фиксируется в основном в западных говорах, а суффикс -ут- для такого значения редок. Скорее всего, исходное прозвище звучало как Клепуто или Клыпа, а фамилия Клыпуто — результат закрепления формы в украинской или белорусской среде.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины и в Беларуси, а также среди потомков переселенцев из этих регионов. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, образованная от бытового прозвища, которое давали по характерной черте поведения или внешности.